O projeto Jornada Missionária é realizado anualmente por colaboradores, alunos e eternos alunos do Santa Clara. Após arrecadação voluntária de roupas, calçados, alimentos, brinquedos e livros, a escola deixa a cidade e vai em busca de uma comunidade do interior para saber, conhecer, conviver e experimentar a solidariedade. São 3 dias fora da escola, quando se experimenta a vida do outro e aprende-se mais sobre o Evangelho.